ปีการศึกษา 2549 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ปรางศรี พณิชยกุล (อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐม และอดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา) เป็นผู้รับใบอนุญาต ดำเนินการบริหารงานโดยคณะบริหารชุดใหม่ นำโดยผู้อำนวยการคนแรกคือ นางแน่งน้อย ตราชู (อดีตผู้อำนวยการโรงเรียนสาธิตราชภัฏนครปฐม) ซึ่งโรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนเพิ่มเติมในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 – 6 ในระยะเริ่มต้นได้เปิดสอนระดับชั้นอนุบาล 1 – 3 ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 2 และ มัธยมศึกษาปีที่ 4 – 6 (เฉพาะแผนการเรียนวิทยาศาสตร์- คณิตศาสตร์) มีห้องเรียนทุกระดับชั้นรวม 13 ห้องเรียน จำนวนนักเรียน 349 คน

          ปีการศึกษา 2550 โรงเรียนได้ดำเนินการบริหารงานจนมีนักเรียนเพิ่มขึ้น โดยเปิดสอนเพิ่มเติมในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 – 4 และมัธยมศึกษาปีที่ 1 – 3 ทำให้มีห้องเรียนรวมทุกระดับชั้น 18 ห้องเรียน จำนวนนักเรียน 622 คน

           ปีการศึกษา 2551 โรงเรียนได้เปิดสอนครบทุกระดับชั้นตามที่ได้รับอนุญาต ทำให้โรงเรียนมีห้องเรียนรวม 23 ห้องเรียน และมีจำนวนนักเรียน 915 คน

           ปีการศึกษา 2552 โรงเรียนได้ย้ายไปอยู่ที่แห่งใหม่เป็นอาคารเรียน 7 ชั้น จำนวน 54 ห้องเรียน โดยได้รับความเมตตาจาก พระครูสุนทรสิทธิการ (สุคนธ์ สุคนฺธธโร) **ปัจจุบัน พระพุทธพยาการณ์** ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดราชสิทธาราม ได้อนุญาตให้สร้างโรงเรียนแห่งใหม่บนพื้นที่ดินซึ่งเป็นมรดกของท่านอันจะเป็นประโยชน์ทางการศึกษา ทำให้โรงเรียนเปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนเสริมสิทธิ์วิทยาเป็น โรงเรียนสุคนธีรวิทย์ โดยสมเด็จพระพุฒาจารย์ เป็นประธานประกอบพิธีเปิดป้ายชื่อโรงเรียนแห่งใหม่เมื่อวันที่ 26 เมษายน 2552 ซึ่งโรงเรียนได้เปิดสอนครบทุกระดับชั้นมีห้องเรียนจำนวน 38 ห้องเรียน จำนวนนักเรียน 1,540 คน

           ปีการศึกษา 2553 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 1,698 คน

           ปีการศึกษา 2554 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 1,728 คน

           ปีการศึกษา 2555 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 1,759 คน

           ปีการศึกษา 2556 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 1,905 คน

           ปีการศึกษา 2557 โรงเรียนจึงได้ขยายห้องเรียน เปิดอาคารเรียนหลังที่ 2 โดยสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ เป็นประธานประกอบพิธีเปิดอาคารเรียนโรงเรียนสุคนธีรวิทย์หลังที่ 2 เมื่อวันที่ 27 เมษายน 2557 เพื่อให้โรงเรียนสามารถจัดสภาพแวดล้อมให้เหมาะสมกับนักเรียนในระดับชั้นอนุบาลและประถมศึกษาโดยแยกอาคารออกจากระดับมัธยมศึกษา ทำให้ในปีการศึกษานี้โรงเรียนสุคนธีรวิทย์มีห้องเรียนรวมทั้งสิ้น 55 ห้องเรียน มีนักเรียน 2,130 คน

            ปีการศึกษา 2554 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 2328 คน

            ปีการศึกษา 2555 มีนักเรียนเพิ่มขึ้นจากเดิมเป็น 2539 คน

            ปีการศึกษา 2562 นายมนต์ชัย มั่นวศิน ได้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนสุคนธีรวิทย์จนถึงปัจจุบัน

            กล่าวได้ว่าโรงเรียนสุคนธีรวิทย์กำเนิดขึ้นจากความร่วมแรงร่วมใจของคณะผู้บริหาร ครูอาจารย์ ผู้ปกครองและนักเรียน เพื่อสร้างสถานศึกษาที่มีคุณภาพ มุ่งมั่นพัฒนานักเรียนไปสู่วิถีชีวิตที่ดีงาม มีความเข้มแข็งทั้งด้านกำลังกายและกำลังใจ มีความใฝ่รู้ใฝ่เรียน เป็นประชากรณ์ที่สำคัญของประเทศชาติ ตลอดเวลาที่ผ่านมาจนถึงปัจจุบันการดำเนินงานประสบความสำเร็จเป็นอย่างดี โรงเรียนเจริญก้าวหน้าขึ้นเป็นลำดับจากจำนวนนักเรียน 300 คนเศษ เพิ่มเป็น 2500 กว่าคน เป็นเพราะโรงเรียนได้พัฒนาคุณภาพการจัดการศึกษาอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งคือการที่นักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 สามารถสอบเข้าศึกษาต่อในมหาวิทยาลัยของรัฐได้ 100 เปอร์เซ็นต์ทุกรุ่น และโรงเรียนก็ยังคงพัฒนาคุณภาพในการจัดการศึกษาอย่างต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน